El lergòleg recomanarà el tractament més adequat per a cada pacient.
El tractament integral del pacient amb al·lèrgia respiratòria inclou quatre apartats: mesures de control ambiental (desal·lergenització), tractament farmacològic, tractament amb vacunes (immunoteràpia) i l'educació del pacient al·lèrgic i els seus familiars.
En el cas de les al·lèrgies alimentàries, dermatitis de contacte o al·lèrgies medicamentoses, el tractament inicial és l'evitació dels al·lergògens responsables de l'aparició de les diferents manifestacions clíniques.
Respecte al tractament farmacològic, el lergòleg recomanarà diferents fàrmacs en funció de l'edat, de la severitat (lleu, moderada, greu) i del tipus de manifestacions (intermitents o persistents), aplicant per a això diferents guies existents per al diagnòstic i tractament de les malalties al·lèrgiques. Existeixen guies nacionals i internacionals per al tractament de la rinitis, de l'asma o de la urticari.
El tractament amb immunoteràpia (bovines lergògenes) està indicat en determinats tipus de rinitis i asma al·lèrgica, i en els pacients amb reaccions greus d'hipersensibilitat a verí d'himenòpters (abelles i vespes). L'eficàcia d'aquest tractament amb vacunes està relacionada amb la qualitat de l'extracte seleccionat, la durada del tractament i la dosi administrada.
És important destacar que la immunoteràpia amb al·lergògens, juntament amb les mesures de control ambiental, constitueixen els pilars del tractament etiològic o causal de les malalties al·lèrgiques.

El tractament etiològic és l'únic que pot modificar l'evolució natural de la rinitis i de l'asma al·lèrgica, disminuint la intensitat de la simptomatologia, reduint les necessitats de tractament simptomàtic, millorant la qualitat de vida del pacient i fins i tot arribant a solucionar definitivament la malaltia.
En els últims anys s'estan produint importants avanços terapèutics en el control de les malalties al·lèrgiques, per exemple:
En l'asma bronquial al·lèrgic greu mal controlat, disposem d'un nou tractament biològic amb un anticòs monoclonal (omalizumab) que està permetent aconseguir millorances en alguns pacients. Omalizumab té un efecte anti-IgE (la immunoglobulina I és la responsable de les manifestacions al·lèrgiques d'hipersensibilitat)
En alguns casos d'al·lèrgia alimentària (llet o ou), s'estan realitzant desensibilitzacions i induccions de tolerància a aquests aliments, permetent modificar l'evolució natural d'aquestes malalties al·lèrgiques.
En pacients al·lèrgics a determinats medicaments en els quals és imprescindible la seva utilització (citostàtics, antibiòtics o antiinflamatoris), s'estan aplicant diferents pautes de desensibilització que permeten ser emprats amb seguretat.
En el cas de la immunoteràpia específica amb al·lergògens, s'estan duent a terme avanços significatius en les pautes agrupades amb vacunes administrades via subcutània. Disposem també d'avanços en la immunoteràpia sublingual, com és l'administració de vacunes en forma de liofilitzats bucodispersables.