El tractament amb immunoteràpia consta de dues fases: una d'inici en la qual s'apliquen dosis creixents l'al·lergen fins a aconseguir la dosi òptima de tractament. Després es passa a la fase de manteniment de la dosi, que en la immunoteràpia subcutània sol ser mensual.

A la immunoteràpia subcutània el període d'iniciació sol ser setmanal (pauta convencional). Quan interessa arribar precoçment la dosi de manteniment es poden posar diverses dosis en un dia a intervals setmanals (pautes agrupades) o totes les dosis en pocs dies (pautes ràpides i ultraràpides).

La fase de manteniment consisteix en la repetició de l'última dosi aconseguida en la fase d'iniciació, generalment amb una freqüència mensual. En alguns casos d'al·lèrgia a pòl·lens la vacuna s'interromp cada any per tornar a reintroduir l'any següent, transcorregut el període de pol·linització (pautes preestacionales).

Després de l'administració de l'extracte el pacient ha de romandre al centre durant almenys 30 minuts per comprovar la bona tolerància i tractar els eventuals efectes adverses en cas que es presentin, que majoritàriament són reaccions locals a la zona de la punció en forma de vermellor, picor, dolor, inflamació. Les reaccions locals cedeixen amb l'aplicació de gel local o l'administració d'un antihistamínic oral. Excepcionalment poden presentar-se reaccions generals o sistèmiques, i per assegurar un correcte i precoç tractament d'aquest tipus de reaccions es recomana administrar sempre la immunoteràpia en un centre mèdic i romandre sempre 30 minuts en observació després de l'administració. Així mateix s'aconsella no realitzar exercici físic intens ni prendre banys amb aigua calenta o saunes en les 3 hores següents a l'aplicació.

A la immunoteràpia sublingual la fase d'inici consisteix en l'aplicació de gotes sublinguals o comprimits cada dia, incrementant la dosi (nombre de gotes) en dies successius. El manteniment sol ser diari, encara que hi ha preparats que permeten la seva aplicació a dies alterns o tres dies per setmana. La immunoteràpia sublingual s'administra al domicili del pacient i no cal acudir al Servei d'Al·lergologia, excepte en el cas d'algunes extractes determinats.